Los orígenes de la SAFA y del Colegio de Villanueva del Arzobispo se encuentran estrechamente ligados a la Familia Bueno Benavides y a la Compañía de Jesús.En una visita a Úbeda, Dª Catalina Bueno, contactó con la Asociación Católica de Maestros, conoce los proyectos del Padre Rafael Villoslada Peula S.J.. Dª Catalina se apresuró a enviar a Granada a su administrador, para expresarle al Padre el deseo de verle a raíz de este encuentro; surge el firme propósito de cederle el lujoso Palacete que poseía en Villanueva del Arzobispo, más bienes para comenzar las Escuelas para niños pobres. (20 de enero de 1940).

Las clases en el centro de la localidad se inician por primera vez el 25 de octubre de 1940 con los siguientes profesores:

• D. Sebastián Talavera (Director del Centro).
• D. Juan Antonio Moreno.
• D. Antonio Cordobilla.
• D. Vicente González (Responsable de Bachillerato).
• D. Ramón Poblaciones (Secretario).

Paulatinamente se fue produciendo la incorporación de otros maestros, profesores, educadores y personal de administración y servicios. Además, cuatro años más tarde, se crea el Seminario de Maestros, que surtiría a toda la SAFA de maestros formados en Villanueva del Arzobispo.

En 1961, el Rector, tras la muerte de Dª Carmen Benavides inaugura la Academia de Bachillerato y la Iniciación Profesional o Preaprendizaje, en las especialidades de Carpintería y Mecánica. 

Finalmente, el 4 de mayo de 1991 tuvo lugar el acto de entrega de la Medalla de Oro de la Ciudad, como reconocimiento a la labor educativa comprometida con el pueblo de Villanueva, coincidiendo en ese momento, con la entrega a la institución SAFA de la Medalla de Honor de Andalucía por la misma labor.